“十三五”期间，医院不断加强基础设施建设，扩充和优化就诊环境。医院新建后勤保障用房、预检分诊用房、北大门临时用房；改善健康管理中心、皮肤美容中心、120急救分站、食堂等一系列诊疗及服务环境。2020年12月28日，医院门急诊住院综合楼正式启用。新建门急诊住院综合楼地上16层、地下2层，建筑总面积81815.03平方米，将急诊、医技、住院、手术、康复融为一体，实现了功能整合和资源共享。
医院积极响应国家长三角区域一体化发展战略，2021年5月15日，举办同济大学附属东方医院皖南医院揭牌仪式，推进与长三角优质医疗资源深度合作。推进“一院四区”发展布局，2020年11月，皖南医学院第二附属医院湾沚院区、卜家店院区挂牌。2021年8月9日，位于银湖路的医院北区正式开诊，满足周边患者就诊需求。
医院配备了一批先进的医疗设备，包括医用电子直线加速器（LA）、64排螺旋CT、3.0T磁共振、双杆悬吊 DR 和移动 DR，1.5T磁共振、数字减影血管造影X线机（DSA）、数字化X线摄像系统（DR）、计算机成像系统（CR）、数字化胃肠X光机、超声诊断仪、全自动生化分析仪和免疫分析仪、各种消化内镜系统等，为疑难重症患者的诊疗和新技术的开展提供了雄厚的硬件支持。
